独立2年目に増える支払いと備え方｜1年目の所得が基準になる税金と保険料

独立2年目は、1年目のフリーランスとしての所得をもとにした支払いが、一斉に始まる年です。3月の確定申告で1年目の所得税を精算し、6月ごろからは1年目の所得をもとにした住民税と国民健康保険料が届きます。1年目の申告納税額が15万円以上なら7月と11月に予定納税があり、法定業種で一定の所得があれば個人事業税もかかります。

備え方の基本は、2月中に1年目の申告を終えて数字を出し、2年目に来る支払いの額を早めに見積もることです。この記事では、どの支払いが何の所得を基準にしているかを整理し、年の途中で独立した人が気をつけたい「3年目の増加」と、2年目に決めておきたいことをまとめます（2026年10月時点）。1年目の流れは独立1年目のお金の記事で扱っています。

2年目の支払いは「何の所得が基準か」で整理する

2年目に払うものは種類が多く、時期もばらばらです。まず、それぞれが何の所得を基準に決まるのかを並べると、なぜ2年目に増えるのかが見えてきます。

予定納税の通知と納付の時期、減額申請の方法は予定納税の記事で詳しく解説しています。ここでは重ねて説明せず、2年目ならではの点に絞ります。

住民税と国民健康保険料は「給与＋事業」の合計で決まる

住民税の所得割は、前年1年間の所得をもとに計算されます（総務省）。国民健康保険料も、たとえば柏市の令和8年度分は令和7年の1年間の所得をもとに算定されます。年の途中で独立した人の場合、2年目に届く額は「1年目の会社員の給与」と「1年目の事業所得」を合わせた所得が基準です。

このため、2年目の住民税と国民健康保険料は、1年目より下がる人もいれば上がる人もいます。会社員時代の給与が高く、独立した年の事業所得が少なければ下がりやすく、反対なら上がります。住民税の仕組みは住民税の記事、国民健康保険料の決まり方は国民健康保険の記事をご覧ください。

任意継続を選んだ人は2年目の終わりに切り替えがある

協会けんぽの任意継続は、加入できる期間が2年間です。退職時に任意継続を選んだ人は、2年目の終わりごろに国民健康保険などへの切り替えが控えています。そのときの国民健康保険料は、フリーランスとしての所得が基準になるため、事前に市区町村の試算の仕組みなどで見込んでおくと慌てずに済みます。

年の途中で独立した人は「3年目」にもう一段増える

2年目の基準は「数か月分の事業所得」

年の途中で独立すると、1年目の事業所得は開業してからの数か月分だけです。2年目の支払いの多くはこの数か月分の所得を基準にしているため、2年目の本当の売上に比べて小さめに出ることがあります。

たとえば個人事業税は、東京都の案内では、前年1年間の事業所得から事業主控除（年290万円）などを引いて計算します。営業期間が1年未満の場合、事業主控除は月割になり、6か月なら145万円です。開業した年の事業所得が少なければ、2年目の個人事業税はかからないか、少ない額で済むことがあります。対象になる業種と計算は個人事業税の記事で解説しています。

3年目は「通年の事業所得」が基準になる

2年目は1月から12月まで通年で事業をする最初の年です。この通年の所得を3年目の3月に申告すると、3年目の住民税・国民健康保険料・予定納税・個人事業税は、すべて通年の所得をもとに計算されます。2年目の支払いの額を「これが毎年の水準」と考えて積立額を決めると、3年目に足りなくなります。

予定納税も同じです。1年目の数か月分の税額をもとにした予定納税を2年目に払っても、2年目の通年の税額のほうが大きければ、差額は3年目の3月に納めることになります。

消費税は登録の有無と基準期間で決まる

免税事業者のままなら「前々年」と「前年前半」で判定

国税庁によると、個人事業者は、基準期間（その年の前々年）の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として消費税の納税義務が免除されます。ただし、特定期間（その年の前年1月1日から6月30日まで）の課税売上高が1,000万円を超えると免除されません。特定期間の判定は、課税売上高に代えて給与等の支払額で行うこともでき、どちらで判定するかは選べます。

独立した年が基準期間になるのは3年目です。2年目に納税義務があるかどうかは、主に1年目の1月から6月までの状況で決まります。判定の考え方は消費税の納税義務の記事で整理しています。

インボイスに登録している人は売上の額にかかわらず課税

インボイス（適格請求書発行事業者）の登録をしている人は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、納税義務は免除されません。登録した年の分は、翌年3月31日までに申告と納付をします。

2割特例は、令和8年9月30日を含む課税期間まで、個人事業者なら令和8年分まで使えます。国税庁の令和8年度税制改正特集では、登録をきっかけに免税事業者から課税事業者になった個人事業者は、令和9年分と令和10年分に、納付税額を売上税額の3割とする「3割特例」を使えるとされています。2026年に独立して登録した人なら、2年目の2027年分は3割特例の対象になり得ます。要件は2割特例の記事で確かめてください。

2年目に決めておきたいこと

1. 確定申告を2月中に終えて数字を出す

確定申告の期間は原則として2月16日から3月15日までです（国税庁）。早めに申告を終えると、1年目の所得と税額が分かり、6月以降の住民税と国民健康保険料、予定納税の対象になるかを、通知を待たずに見込めます。

2. 青色申告をまだ使っていないなら、2年目から始める

1年目に青色申告の承認申請が間に合わなかった人は、2年目から使えるよう、原則としてその年の3月15日までに申請します（国税庁 No.2090）。控除の条件と帳簿の付け方は青色申告の記事で解説しています。

3. 所得控除を使う制度を検討する

小規模企業共済やiDeCoのように、掛金が所得控除の対象になる制度があります。2年目は事業の売上が見え始め、無理のない掛金を決めやすい時期です。仕組みは小規模企業共済の記事などで確かめ、掛金は生活費と納付用のお金を確保したうえで決めます。

4. 所得が下がりそうなら減額や軽減の手続きを確かめる

案件の終了などで2年目の所得が1年目より大きく下がりそうなときは、予定納税の減額申請や、国民健康保険料の減免を検討できる場合があります。期限があるため、下がると分かった時点で税務署や市区町村の窓口に確かめます。

5. 法人化を考えるかどうかの目安を持つ

2年目の売上の見込みが立つと、法人化を検討するかどうかの判断材料がそろい始めます。すぐに決める必要はありませんが、検討の目安は法人化のタイミングの記事で確かめておくと、3年目以降の計画を立てやすくなります。具体的な判断は税理士などの専門家にご相談ください。

よくある質問

2年目の住民税は1年目より高くなりますか？

人によって違います。2年目の住民税は、1年目の会社員の給与と事業所得を合わせた所得が基準です。会社員時代の給与が高く、独立した年の事業所得が少なければ、1年目より下がることがあります。反対に、事業所得が大きければ上がります。確定申告の内容から見込みを出しておくと、通知が届いたときに慌てずに済みます。

2年目の支払いのために、売上の何割を残しておけばよいですか？

決まった割合はありません。住民税や国民健康保険料は市区町村によって違い、所得税は所得が増えるほど税率が上がります。1年目の申告の数字から2年目の支払いの額を出し、2年目の売上の見込みから3年目の分も見積もる方法をおすすめします。具体的な額は税理士などの専門家にご相談ください。

2年目に予定納税の通知が届かないのはなぜですか？

予定納税の対象は、5月15日の時点で確定している前年分の申告納税額（予定納税基準額）が15万円以上の人です。1年目の事業所得が少なかった人や、給与から源泉徴収された税額が多く、申告で納めた額が15万円未満だった人には通知が届きません。その場合、2年目の所得税は3年目の3月の確定申告でまとめて納めることになるため、その分を取り分けておきましょう。